Il nome CARUGO ha probabile provenienza celtica. Il più antico documento, in cui viene citato il nome del paese, risale all’ 892: si tratta di una pergamena in cui Magnifredo, conte di Milano, eleggeva alcuni giudici e notai per una causa di spartizione territoriale e fra i giudici veniva eletto anche un certo “Stachelberto giudice di Carugo”.
Dopo l’anno mille, in un periodo di lotte tra Como e Milano, si hanno notizie di un castello, del quale faceva forse parte la torre tutt’oggi presente, che è stato distrutto dalle truppe inviate dal podestà di Milano, Ardigotto Marcellino.
La frazione di Gattedo, detta Gatta, ospitava nel XII secolo il movimento eretico dei Patari, movimento di protesta religiosa e sociale nato a Milano. Con decreto del 19 agosto 1254 Papa Innocenzo IV fece distruggere il castello di Gatta, che apparteneva a Roberto Patta da Giussano.
Nel XIV secolo il paese, sino ad allora appartenente al feudo della famiglia dei Carugo, entrava a far parte della Pieve di Mariano; il 13 giugno 1476 passava alla famiglia Marliani; il 13 dicembre passava alla casata dei Giussani e, il 3 giugno 1638, al marchese Flaminio Crivelli.
Nel periodo austriaco il paese vide la costruzione delle strade principali e del lavatoio (1833), posto alla confluenza delle attuali vie Tazzoli, Baracca e Gattedo.
Nel 1879 venne costruito il tratto delle Ferrovie Nord, passante per il paese (linea Milano-Asso).
Dal 1929 al 1950 Carugo si è unito con Arosio, creando il Comune di Carugo-Arosio.
Nel dopoguerra si è verificato un forte sviluppo artigianale ed industriale, soprattutto nel campo del mobile.